今日直播!AI 與藥物研發的跨界聯合:來VIEW人工智慧和生物醫藥前沿論壇一探究竟!

VIEW線上學術論壇第五期:

人工智慧和生物醫藥前沿論壇

近年來,隨著計算機處理能力的快速增長,可用資料的增多以及高階演算法的發展,人工智慧改變藥物研發的潛力受到廣泛關注。人工智慧憑藉其強大的發現能力、學習計算能力能有效縮短新藥研發週期、降低藥物開發成本,在近年來逐漸成為生命科學領域的新風口,並已滲透到藥物研發的多個環節和場景。進一步的發展意味著不僅需要繼續提升AI方法的可信度、準確性和可解釋性,還需要更深層次的面對生物醫藥的具體場景、實際需求,以及現在資料規模、質量、多樣性等方面的挑戰,在推動了AI技術和製藥行業更多的合作的同時,也帶來了對於資料產生、資料治理和資料使用過程的重新審視和探索。

為進一步促進人工智慧與生物醫藥的交叉融合,VIEW期刊作為全國衛生產業企業管理協會實驗醫學分會(PCEM)與Wiley共同出版的開放獲取式期刊,主要關注生命健康的“視覺化”,透過開發新型材料將“診斷”與“治療”相結合,創造出更具潛力的新型診斷治療學技術實現精準醫療。

我們特舉辦“2022 人工智慧和生物醫藥前沿論壇” 。論壇將邀請人工智慧和生物醫藥研究領域有重要影響力的科學家做特邀報告,討論AI藥物研發的關鍵場景,總結實踐過程中遇到的挑戰和經驗教訓,探討AI革命的本質及其對藥物研發過程的意義,

為活躍在生物、藥學、醫學、計算機、材料等多學科領域的科研工作者、醫務人員、藥物研發企業等提供學術交流平臺,增進共識,擴大交流與合作,促進知識和技術創新,共同推動和促進製藥技術的發展。

論壇時間

2022年5月7日(今日), 9:55am - 4:00pm

觀看方式

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https://gcb。h5。xeknow。com/sl/4iRkNw

論壇議程

1. 學術報告分享

2. VIEW期刊圓桌論壇(不直播)

主講人及報告簡介

今日直播!AI 與藥物研發的跨界聯合:來VIEW人工智慧和生物醫藥前沿論壇一探究竟!

張世華 教授

中科院數學與系統科學研究院

張世華,中國科學院數學與系統科學研究院研究員、中國科學院隨機複雜結構與資料科學重點實驗室副主任、中國科學院大學崗位教授。主要從事生物資訊計算、機器智慧與最佳化交叉研究。曾榮獲全國百篇優秀博士論文獎(2010)、中國青年科技獎(2013)、中國科學院盧嘉錫青年人才獎(2013)、國家自然科學基金優秀青年基金(2014)等。成果入選2021年度中國生物資訊學十大進展、2019年度中國生物資訊學十大演算法和工具。

報告題目:

Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics

Recent advances in spatially resolved transcriptomics have enabled comprehensive measurements of gene expression patterns while retaining spatial context of tissue microenvironment。 Deciphering the spatial context of spots in a tissue needs to use their spatial information carefully。 To this end, we developed a graph attention auto- encoder framework STAGATE to accurately identify spatial domains by learning low-dimensional latent embeddings via integrating spatial information and gene expression profiles。 To better characterize the spatial similarity at the boundary of spatial domains, STAGATE adopts an attention mechanism to adaptively learn the similarity of neighboring spots, and an optional cell type-aware module through integrating the pre-clustering of gene expressions。 We validated STAGATE on diverse spatial transcriptomics datasets generated by different platforms with different spatial resolutions。 STAGATE could substantially improve the identification accuracy of spatial domains, and denoise the data while preserving spatial expression patterns。 Importantly, STAGATE could be extended to multiple consecutive sections for reducing batch effects between sections and extracting 3D expression domains from the reconstructed 3D tissue effectively。

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範驍輝 教授

浙江大學

浙江大學求是特聘教授、教育部“長江學者”特聘教授,浙江大學藥學院副院長、藥物資訊學研究所副所長,兼任現代中藥省部共建協同創新中心副主任、阿里巴巴‐浙江大學智慧藥學聯合實驗室主任、美國 FDA 客座教授及悉尼大學榮譽研究員等。

2000年本科畢業於浙江大學化學與生物工程學系,2005年博士畢業於浙江大學藥學院,2005至2008年在美國FDA從事博士後和訪問研究;其後進入浙江大學藥學院任教,2011年晉升教授。主要從事中藥系統生物學研究。先後主持“重大新藥創制”國家科技重大專項、澳大利亞NHMRC ideas grant、國家自然科學基金、重大企業合作等課題20餘項。

報告題目:

單細胞組學資料科學:方法與趨勢

單細胞測序等單細胞組學技術飛速發展,可在單次實驗中同時實現數萬乃至數十萬個單細胞檢測,已成為生命健康領域最受矚目的技術工具,並日益受到大資料和機器學習領域研究人員的重視。本報告將結合研究例項,介紹單細胞測序的主要應用模式及資料分析方法,並對其技術趨勢進行展望。

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黃晶 教授

西湖大學

黃晶,西湖大學生命科學學院PI。他於清華大學物理系獲學士與碩士學位,瑞士巴塞爾大學化學系獲博士學位,之後獲瑞士自然科學基金資助赴美,在美國馬里蘭大學藥學院和NIH計算生物學實驗室做博士後研究。2017年11月回國加入西湖大學生命科學學院,組建和領導計算生物物理與藥物設計實驗室。學術上致力於開發生物大分子的計算模型和模擬演算法,以提升複雜體系分子動力學模擬和計算藥物設計的精度和效率。

報告題目:

計算藥物設計中如何充分使用結構資訊:以抗耐藥性感染為例

計算機硬體、軟體與演算法的高速發展極大地推動了理性藥物設計的進步。與此同時,得益於結構生物學的進步,蛋白-配體複合物在原子水平上的結構資訊日益增長。在本次報告中我將簡要介紹基於物理模型與基於人工智慧的計算藥物設計方法。結合我們在開發新型抗菌藥物上的實踐,我將討論如何在小分子藥物設計中充分且有效地利用結構資訊,以增強分子對接和分子生成模型的精度與效率。

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劉琦 教授

同濟大學

劉琦,同濟大學生命科學與技術學院生物資訊系長聘教授,博士生導師。長期致力於基於人工智慧和高通量組學資料分析的腫瘤精準用藥、藥物發現、腫瘤免疫治療及基因編輯領域的方法學和計算平臺開發,推進人工智慧和組學資料分析的結合及臨床轉化。在Science Advances, Genome Biology,Nature Communications, Genome Medicine, Nucleic Acids Research,Chemical Science, Science Bulletin等發表學術論文,受邀在Trends系列雜誌、WIREs系列雜誌等發表綜述和評述論文。曾獲吳文俊人工智慧自然科學獎、獲藥明康德生命化學獎等,入選教育部青年長江學者。

報告題目:

組學資料分析的機器智慧

本報告面向生物醫藥領域的高通量組學資料,分享若干機器智慧分析的研究案例,拋磚引玉,期望對於複雜疾病的精準診斷和精準治療提供有益指導。

主辦方簡介

VIEW

期刊簡介

VIEW期刊由全國衛生產業企業管理協會實驗醫學分會(PCEM)和 WILEY共同出版,於2020年3月正式創刊,主要關注生命健康的“視覺化”,透過開發新型材料將“診斷”與“治療”相結合,創造出更具潛力的新型診斷治療學技術實現精準醫療。本刊接受的投稿型別多種多樣,包括:研究性文章、綜述性文章、通訊性文章、觀點性文章、分析性文章和臨床案例報告文章等。

截止目前,VIEW期刊已被Emerging Sources Citation Index (ESCI)、Dimensions、Directory of Open Access Journals(DOAJ)、CAS資料庫(Chemical Abstracts Service,CAS)和英國INSPEC 資料庫收錄,表明 VIEW 期刊在文章質量、期刊管理水平、期刊國際化和規範化等方面得到了國際學術界的認可,對擴大期刊傳播範圍,增加期刊顯示度,提升學術影響力具有重要意義,也意味著對實驗醫學學科及體外診斷產業的發展將起到重要的推動和促進作用。VIEW 期刊會繼續秉承“國際一流期刊”理念,為廣大科研工作者提供更優秀的學術研究成果和更專業的出版服務,歡迎大家踴躍投稿!

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Wiley出版集團簡介

Wiley是全球科研和教育領域的領導者,透過促進發現、賦能教育和塑造人才,來激發人的潛能。200多年來,Wiley推動全球知識生態系統的發展。如今,我們高影響力的內容、平臺及服務幫助科研人員、學習者、機構和企業在快速變化的世界中實現他們的目標。同時,Wiley是全球歷史最悠久﹑最知名的學術出版商之一,被譽為世界第一大獨立的學術圖書出版商和第三大學術期刊出版商。Wiley旗下1600多種期刊,涉及化學、能源、醫學、生命科學、社會科學等多個領域。其中Advanced Materials,Angewandte Chemie International Edition,Small等作為材料、化學領域的頂級期刊,擁有高影響因子和國際影響力。

上海交通大學簡介

上海交通大學是我國曆史最悠久、享譽海內外的著名高等學府之一,是教育部直屬並與上海市共建的全國重點大學。經過125年的不懈努力,上海交通大學已經成為一所國內一流、國際知名大學,並在新的歷史節點,進一步明確了構建“綜合性、創新型、國際化”世界一流大學的願景目標。

至2020年底,學校共有33個學院/直屬系,13家附屬醫院,2個附屬醫學研究所,23個直屬單位,5個直屬企業。全日制本科生(國內)17071人、全日制碩士研究生14589人、全日制博士研究生9903人,國際留學生2513人,其中:研究生1488人;有專任教師3307名,其中教授1083名;中國科學院院士25名、中國工程院院士23名(包括1名兩院院士),國家傑出青年基金獲得者159名,青年拔尖人才27名,長江學者青年專案47名,優秀青年科學基金獲得者141名,國家重點基礎研究發展計劃(973計劃)首席科學家35名(青年科學家2名),國家重大科學研究計劃首席科學家14名,國家基金委創新研究群體18個,教育部創新團隊20個,國家重點研發計劃專案獲得者117名(青年專案獲得者14名)。

上海交通大學生物醫學工程學院簡介

1979年上海交大建立了生物醫學工程專業,是全國最早建立生物醫學工程專業的大學之一。三十多年來,上海交大生物醫學工程專業的工作者們以“敢為人先,追求卓越”的精神作為指引,在科研、教學、產品研發等領域取得了一系列卓越的成就。它一直是全國最優秀的生物醫學工程專業之一:於2002年被評為國家重點學科;在2002、2007年、2012年國家一級學科評比中一直名列全國生物醫學工程學科前三名。生物醫學工程專業已是上海交大這一百年名校中一個“亮點”專業之一。2015年,上海交大生物醫學工程專業成為上海交大入選“上海高峰高原學科”(I類)的四個專業之一。2005年上海交大與原上海原第二醫科大學“強-強”合併後,將大力發展醫-工(理)交叉科學作為主要戰略之一。而Med-X研究院於2007年11月的成立,就是這一主戰略的一個關鍵的實施。該院是上海交大“985工程”建設的重要科技創新平臺之一,是學校直屬的從事醫工、醫理交叉研究的科研教育機構,以推動交叉性的、轉化性的醫學研究為核心目標。幾年來已有多位原國際著名的研究教育機構的學者全職加盟Med-X研究院。2011年,上海交通大學生物醫學工程學院在整合Med-X研究院與原生物醫學工程系的科研和教學資源的基礎上正式成立,還擁有教育部數字醫學工程中心、上海市Med-X醫療器械工程研究中心,與瑞金醫院、仁濟醫院、上海市第六人民醫院、上海市精神衛生中心等附屬醫院建立了多個聯合研究中心。

上海交通大學生物醫學工程學院簡介

1979年上海交大建立了生物醫學工程專業,是全國最早建立生物醫學工程專業的大學之一。三十多年來,上海交大生物醫學工程專業的工作者們以“敢為人先,追求卓越”的精神作為指引,在科研、教學、產品研發等領域取得了一系列卓越的成就。它一直是全國最優秀的生物醫學工程專業之一:於2002年被評為國家重點學科;在2002、2007年、2012年國家一級學科評比中一直名列全國生物醫學工程學科前三名。生物醫學工程專業已是上海交大這一百年名校中一個“亮點”專業之一。2015年,上海交大生物醫學工程專業成為上海交大入選“上海高峰高原學科”(I類)的四個專業之一。2005年上海交大與原上海原第二醫科大學“強-強”合併後,將大力發展醫-工(理)交叉科學作為主要戰略之一。而Med-X研究院於2007年11月的成立,就是這一主戰略的一個關鍵的實施。該院是上海交大“985工程”建設的重要科技創新平臺之一,是學校直屬的從事醫工、醫理交叉研究的科研教育機構,以推動交叉性的、轉化性的醫學研究為核心目標。幾年來已有多位原國際著名的研究教育機構的學者全職加盟Med-X研究院。2011年,上海交通大學生物醫學工程學院在整合Med-X研究院與原生物醫學工程系的科研和教學資源的基礎上正式成立,還擁有教育部數字醫學工程中心、上海市Med-X醫療器械工程研究中心,與瑞金醫院、仁濟醫院、上海市第六人民醫院、上海市精神衛生中心等附屬醫院建立了多個聯合研究中心。

Wiley是全球科研和教育領域的領導者,透過促進發現、賦能教育和塑造人才,來激發人的潛能。200多年來,Wiley推動全球知識生態系統的發展。如今,我們高影響力的內容、平臺及服務幫助科研人員、學習者、機構和企業在快速變化的世界中實現他們的目標。Wiley全球總部位於美國新澤西州的霍博肯(Hoboken),公司在紐約證券交易所掛牌上市,交易程式碼為WLY和WLYB。

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