ImageJ(https://imagej。NIH。gov/ij/ ) 是美國NIH開發的免費開源影象處理軟體,在生物、醫學領域中得到了廣泛的應用。
ImageJ功能讓人眼花繚亂,有數百個外掛可供使用。
在以往的推文中我們已經給大家分享了諸多ImageJ的使用技巧,有需要的小夥伴可以去往期檢視。
每個人分析圖片的目的各異,最近就有人問我
是否可以使用ImageJ製作演示區域性放大的動畫?是否可以實現時間序列圖片的分析?
今天半夏就給大家分享輕鬆解決這些問題的實用方法!
1、ImageJ製作區域性放大動畫
2020年4月7日,半夏在網上發現了一個製作區域性放大動畫宏Zoom Movie Macro,下載地址為:https://bitbucket。org/DrLachie/zoom_movie_imagej_v2b/src/master/ 。
複製Zoom Movie Macro程式碼後保存於文字文件,將檔案命名為zoom_macro。
分析步驟:
1。 ImageJ軟體File -> Open開啟示例熒光圖片:
2。 File -> Open開啟已儲存的zoom_macro。txt:
如果直接點選Macros -> Run Macro,此時彈出Macro視窗:No ROI selected,說明zoom_macro需要選擇需要放大位置的ROI(region of interest,感興趣區)。
3。 繪製ROI,使用橢圓工具(其他選框工具亦可)繪製圖片中需要放大的區域:
點選Macros -> Run Macro進入外掛引數設定介面:
(1) How many frames to spend zooming in?設定放大幀數,預設為35幀,幀數越高動畫精細程度越好。
(2) Final movie width,最終影片寬度,預設為512,即最終將影象統一大小到512×512。如果想要更好的影象質量,也可行調節。
(3) Add scalebar,新增標尺,需換算出每個Pixel實際代表多少μm。標尺Analyze -> Set Scale進行設定:
設定引數後點擊OK得到一個區域性放大過程的動畫Stack:
因為文稿無法顯示區域性放大動畫實際效果,在此我們製作Montage圖來顯示動畫中的所有幀。方法為Image -> Stack -> Make Montage:
如果選中Label Slices,圖片會顯示圖片的序號,點選OK得到逐漸區域性放大的效果如下:
4、File -> Save As…AVI影片格式,就可以方便地獲得區域性放大的動畫:
2、ImageJ分析時間序列圖片
區域性放大動畫宏Zoom Movie Macro得到的是一個逐漸放大的時間序列圖片,那麼ImageJ如何分析時間序列圖片?常見的時間序列圖片有活細胞工作站或共聚焦顯微鏡可方便獲得實時、原位、動態的時間序列影象或影片,下圖是Elife(IF=7。08)中記錄時間依賴的鈣成像,橫座標是時間縱座標是鈣訊號,反映的是不同時間點鈣訊號的動態變化【1】:
分析步驟:
1、ImageJ軟體File -> Open開啟Stack圖片,該Stack有98張圖片:
2、使用ImageJ軟體橢圓工具繪製ROI:
Analyze -> Tools -> ROI Manager,點選ROI Manager的Add或者快捷鍵t新增繪製的ROI:
3。 Image -> Stack -> Plot Z-axis Profile,得到不同時間點該ROI中平均灰度值變化情況:
點選List得到具體資料:
3、擴充套件
Time Series Analyzer外掛也可以分析時間序列影象
,其下載地址為:https://imagej。nih。gov/ij/plugins/time-series。html 。
下載Time_Series_Analyzer。jar後移動檔案至ImageJ安裝目錄的Plugins資料夾中,重啟ImageJ即可。
Time Series Analyzer外掛使用方法與前述類似,繪製ROI後,開啟外掛:
得到一致的分析結果:
最後,半夏想給大家談談如何學習ImageJ,有以下幾點:
(1)掌握基礎,多思考,學以致用!
(2)教程與課程也不解決所有問題。
(3)分析圖片需要“靈感”,需要靈活運用!
學習ImageJ的最好資源來源於官網,
Download處不僅可以下載Mac OS X、Linux、Windows不同作業系統的ImageJ軟體,還可以下載學習資源
,例如ImageJ User Guide:
下圖是ImageJ User Guide與官網自帶示例圖片:
以前文涉及製作Montage圖為例,ImageJ User Guide就有詳盡的說明(第88頁):
Plot Z-axis Profile也有相關說明:
透過ImageJ User Guide掌握ImageJ的基礎知識後就可以學以致用了。
今天ImageJ繪製區域性放大動圖與時間序列影象分析就給大家分享到這裡了,希望對大家有所幫助!科研不易,大家一起加油。
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