中國的宮殿建築,主要是木質結構,輔助大量石料。這種結構的特點是造價相對較低,建造迅速,居住舒適,缺點是木料容易腐朽,需要定期的維護。
歐洲則主要採用單純的石料修建宮殿,耗資巨大,需要很長的時間,居住並不舒適。但它也有優點,就是堅固難用,一些城堡幾百年時間還大體完好。
針對南京明故宮的損壞原因,通常被認為是毀於兵火。然而,還有一種流傳甚廣的說法是毀於太平天國運動。
其實這兩種觀點或者是說法,都很籠統並不嚴謹。明故宮的損毀是一個長期的過程,它是明、清、太平天國、民國四個時期共同作用的結果。南京明故宮的損毀最徹底的時期是出現在清初。清軍攻佔南京後,焚燬了大部分的明代宮殿建築。清軍將南京明故宮剩餘的部分宮殿改造成滿城,旗人都居住在這些改造後的故宮宮殿中。
朱棣遷都後,南京皇宮一開始也還比較受到重視。明仁宗在位時,還曾經一度打算遷回到南京,並對南京皇宮的建築加以整修。但是明仁宗命薄,登基僅十個月就駕崩了。遷都一事也就告吹。
根據記載八旗子弟攻佔南京之後,其駐地就在明故宮,在此期間曾經多次失火,將藏經閣、內務府等地盡數燒燬。
可以說明故宮是在各種因素的作用下而消失在了歷史的長河中,這是一大遺憾,但是非人力所能及。